Logiciels

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PTST98

Geminography

MoPro

Auteurs : Christian Jelsch, Benoit Guillot, Niels Hansen, Claude Lecomte, Virginie Pichon-Pesme

MoPro est un programme cristallographique dédié à :

  • l’affinement de structure moléculaires et de leur densité électronique à résolution subatomique ( d ~ 0,4 – 0,7Å)
  • l’affinement de structure à résolution atomique ( d ~ 0,7 – 1,5Å) en utilisant un modèle multipolaire de l’atome transféré depuis une librairie de densité de charge.

Les domaines d’application sont :

  • les molécules organiques et organométalliques, les cristaux de minéraux,
  • les macromolécules biologiques (protéines, ADN, ARN)

Le programme permet l’application de Restrictions et Contraintes originales à la structure moléculaire et à la densité électronique. MoPro inclut des fonctionnalités d’analyse de la stéreo-chimie et de la dynamique moléculaire. En exportation, MOPro peut écrire notamment des fichiers de coordonnées en format CIF et PDB en vue de publication.

Import2MoPro
Programme interactif qui lit les fichiers moléculaires de type PDB, CIF, MOLLY & SHELXL.

VMoPro

Visualisation des propriétés moléculaires dérivées en vue 2D ou 3D.

  • Densité Electronique Statique : densité totale ou de déformation
  • Densité Electronique Dynamique par Synthèse de Fourier

déformation de la densité : [ Fobs(mul) ? Fcalc(sph) ]
densité électronique résiduelle [ Fobs – Fcalc ]
ou plus généralement : [ m*Fo – n*Fc ]

  • Potentiel Electrostatique
  • Gradient & Laplacien de la densité électronique. Points critiques
  • Calculs d’Energie d’Interactions Moléculaires

Liens :
Description plus détaillée de MoPro (en anglais)
Obtenir MoPro
Page Web Christian Jelsch
Equipe BioMod

Chardi2015

Auteur principal : Massimo NESPOLO

Publications :

1. M. Nespolo (2016). Charge Distribution as a tool to investigate structural details. IV. A new route to heteroligand polyhedra. Acta Crystallogr., section B, in press.

2. M. Nespolo, B. Guillot (2015). CHARDI2015: Charge Distribution analysis of non-molecular structures. J. Appl. Crystallogr., submitted

Le logiciel CHARDI2015 calcule le Nombre de Coordination Effective (ECoN) et la Distribution de Charges (CD) Charge Distribution (distribution des nombres d’oxydation formelles) dans les composés à valence normale (NVC). Les NVC sont composés inorganiques sans liaisons cation – cation ou anion – anion. ECoN est un nombre de coordination fractionnaire qui mesure la distorsion des polyères de coordination, et qui coîncide avec le nombre de coordination classique lors que cette distorsion est limitée. Les « charges » des atomes sont utilisées comme poids fans la distribution d’CoN parmi les liaisons chimiques, dans le cadre d’un modèle à charges ponctuelles. Les résultés sont utilisés pour la validation structurelle et pour l’analyse des détails structuraux.

Plus de détails: http://www.crystallography.fr/chardi/

Fichier exécutable (Windows) : Chardi2015.exe

Twiny

Auteur : Massimo NESPOLO

Publications :

M. Nespolo, C. Iordache (2013). « Twiny: from morphology to twin element and vice versa » – Journal of Applied Crystallography 46 (2013) 801-803.PDF Electronic reprint  DOI link

Le logiciel Twiny calcule l’angle entre deux cristaux maclés à partir de l’élément de macle ou estime l’élément de macle à partir de l’angle mesuré entre deux cristaux maclés

Plus de détails : http://www.crystallography.fr/Twiny/

Fichiers exécutables (Windows/Linux/Mac) à la même adresse.

PTST98

Auteur principal : Massimo NESPOLO

Publications :

M. Nespolo, H. Takeda, T. Kogure, G. Ferraris (1999). Periodic Intensity Distribution (PID) of mica polytypes: symbols, structural model orientation and axial settings. Acta Crystallogr. A55, 659-676

Le logiciel PTST98 calcule la fonction Distribution Periodique d’ntensité (PID) comme transformé de Fourier de la séquence d’émpilement de feuillets mica exprimée par les symboles Ross-Takeda-Wones (RTW). Le résulté est comparé avec la PID expérimentale, obtenue en supprimant l’ffet de modulation de la transformé de Fourier du feuillet sur les facteurs de structure du polytype. Le meilleur accord entre la PID théorique et celle expérimentale révèle la séquence d’émpilement.

Plus de détails :http://www.crystallography.fr/pages_perso/Nespolo/en/micas.php

Fichier exécutable (MS-DOS/Windows) : PTST.zip

GEMINOGRAPHY

Auteur : Massimo NESPOLO

Publications :

M. Nespolo, G. Ferraris (2006). The derivation of twin laws in non-merohedric twins – Application to the analysis of hybrid twins. Acta Crystallogr. A62, 336-349. PDF Electronic reprint  (330 Kb)

Le logiciel geminography explore les possibles lois de macles. Il prend en input les paramètres de maille et les indices de l’élément de macle (connu ou soupçonné), plus d’autres paramètres décrits dans la documentation, et explore les éléments du réseau (quasi)-perpendiculaires pour repérer les possibles sous-réseaux. Il calcule l’indice de macle et l’obliquité, ainsi que la pseudo-symétrie des sous-réseaux. Ce logiciel effectue une recherche systématique des sous-réseaux coexistants et décrit les macles comme hybrides chaque fois que cette description rend compte de la quasi- superposition réticulaire mieux que la description classique, qui utilise au contraire un seul sous-réseau.

Plus de détails : http://www.crystallography.fr/geminography/

Installeur à la même adresse.