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Software developped at the CRM2

mopro_icon MoPro
moproviewer_icon MoProViewer
chardi_icon Chardi2015

twiny_icon Twiny

PTST98

Geminography

MoPro

Auteurs : Christian Jelsch, Benoit Guillot, Niels Hansen, Claude Lecomte, Virginie Pichon-Pesme

MoPro est un programme cristallographique dédié à :

  • l’affinement de structure moléculaires et de leur densité électronique à résolution subatomique ( d ~ 0,4 – 0,7Å)
  • l’affinement de structure à résolution atomique ( d ~ 0,7 – 1,5Å) en utilisant un modèle multipolaire de l’atome transféré depuis une librairie de densité de charge.

Les domaines d’application sont :

  • les molécules organiques et organométalliques, les cristaux de minéraux,
  • les macromolécules biologiques (protéines, ADN, ARN)

Le programme permet l’application de Restrictions et Contraintes originales à la structure moléculaire et à la densité électronique. MoPro inclut des fonctionnalités d’analyse de la stéreo-chimie et de la dynamique moléculaire. En exportation, MOPro peut écrire notamment des fichiers de coordonnées en format CIF et PDB en vue de publication.

Import2MoPro
Programme interactif qui lit les fichiers moléculaires de type PDB, CIF, MOLLY & SHELXL.

VMoPro

Visualisation des propriétés moléculaires dérivées en vue 2D ou 3D.

  • Densité Electronique Statique : densité totale ou de déformation
  • Densité Electronique Dynamique par Synthèse de Fourier

déformation de la densité : [ Fobs(mul) ? Fcalc(sph) ]
densité électronique résiduelle [ Fobs – Fcalc ]
ou plus généralement : [ m*Fo – n*Fc ]

  • Potentiel Electrostatique
  • Gradient & Laplacien de la densité électronique. Points critiques
  • Calculs d’Energie d’Interactions Moléculaires

Liens :
Description plus détaillée de MoPro (en anglais)
Obtenir MoPro
Page Web Jelsch
Equipe BioMod

Chardi2015

Auteur principal : Massimo NESPOLO

Publications :

1. M.Nespolo, G. Ferraris,H. Ohashi (1999). Charge Distribution as a tool to investigate structural details: meaning and application to pyroxenes. Acta Crystallogr. B55, 902-916

2. M. Nespolo, G. Ferraris, G. Ivaldi, R. Hoppe (2001). Charge Distribution as a tool to investigate structural details. II. Extension to hydrogen bonds, distorted and hetero-ligand polyhedra. Acta Crystallogr. B57, 652-664

Le logiciel CHARDI2015 calcule le Nombre de Coordination Effective (ECoN) et la Distribution de Charges (CD) Charge Distribution (distribution des nombres d’oxydation formelles) dans les composés à valence normale (NVC). Les NVC sont composés inorganiques sans liaisons cation – cation ou anion – anion. ECoN est un nombre de coordination fractionnaire qui mesure la distorsion des polyères de coordination, et qui coîncide avec le nombre de coordination classique lors que cette distorsion est limitée. Les “charges” des atomes sont utilisées comme poids fans la distribution d’CoN parmi les liaisons chimiques, dans le cadre d’n modèe à charges ponctuelles. Les résultés sont utilisés pour la validation structurelle et pour l’nalyse des détails structuraux.

Plus de détails: http://www.crystallography.fr/chardi/

Fichier exécutable (Windows) : Chardi2015.exe

Twiny

Auteur : Massimo NESPOLO

Publications :

M. Nespolo, C. Iordache (2013). “Twiny: from morphology to twin element and vice versa” – Journal of Applied Crystallography 46 (2013) 801-803.PDF Electronic reprint  DOI link

Le logiciel Twiny calcule l’angle entre deux cristaux maclés à partir de l’élément de macle ou estime l’élément de macle à partir de l’angle mesuré entre deux cristaux maclés

Plus de détails : http://www.crystallography.fr/Twiny/

Fichiers exécutable (Windows/Linux/Mac) à la même adresse.